มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เป็นสถาบันอุดมศึกษาแห่งแรกในประเทศไทยที่เปิดสอนภาษาญี่ปุ่นโดยเริ่มเปิดสอนเป็นครั้งแรกในคณะศิลปศาสตร์ตั้งแต่ปีพ.ศ.2508 (1965) ทั้งนี้ในเบื้องต้นได้รับการส่งเสริมและสนับสนุนจากกระทรวงการต่างประเทศของญี่ปุ่น (ซึ่งต่อมาโอนไปอยู่ในความรับผิดชอบของ The Japan Foundation ซึ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1972)  ทั้งในด้านผู้สอน ตำรา ตลอดจนพจนานุกรมสำหรับอาจารย์และนักศึกษา 
วิชาภาษาญี่ปุ่น ของคณะศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในตอนต้นนั้นเปิดสอนเป็นวิชาเลือก จากนั้นหลักสูตรก็มีพัฒนาการมาโดยตลอด โดยเปิดสอนเป็นวิชาโท วิชาเอก (ระดับปริญญาตรี)  ตลอดจนเปิดสอนในระดับปริญญาโท ตามลำดับ  
หลังจากเปิดเป็นวิชาเอกในปี พ.ศ.2525 (1982) โดยใช้หลักสูตรสาขาวิชาภาษาญี่ปุ่น ฉบับ พ.ศ.2525(1982) เป็นฉบับแรกแล้ว ได้มีการปรับปรุงหลักสูตร 4 ครั้งคือ หลักสูตรฉบับปรับปรุง พ.ศ. 2533(1990), พ.ศ.2540 (1997),  พ.ศ. 2547 (2004), พ.ศ.2552 (2009) และ พ.ศ.2556 (2013) โดยการปรับปรุงหลักสูตรจะดำเนินการเป็นระยะทุก 5-7 ปี เพื่อให้สามารถผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพ สอดคล้องกับความเปลี่ยนแปลงและความต้องการของสังคม